En Opus Nigrum (1974) Yourcenar reconstruye la transición y enfrentamiento entre Edad Media y Renacimiento mediante la narración de la vida de Zenón, filósofo, médico, alquimista del siglo XVI, personaje con rasgos de Servet, Paracelso, Campanella, Bruno y algunos aspectos de Leonardo da Vinci. Considerada por la autora como su novela más importante, plantea la oposición entre quien busca la sabiduría y los prejuicios, dogmas y concepciones caducas del poder establecido. La ignominia cae finalmente sobre Zenón (los mediocres siempre usaron la infamia como arma de poder contra los más sabios) y es condenado a la hoguera si no se retracta.
Yourcenar explica en las notas finales cómo se documentó para recrear la época. Los cargos de acusación reunidos contra Zenón y los detalles jurídicos del proceso fueron extraídos de varias causas de la segunda mitad del siglo XVI y principios del XVII. Al igual que en Memorias de Adriano, el discurso narrativo se estructura sobre la interpretación de los personajes y su tiempo.
Esta novela, harto ambiciosa, fue desarrollada a la par por algún tiempo con los primeros esbozos de otra obra, que más tarde se convertiría en las "Memorias de Adriano". Renuncié provisionalmente a ambas hacia 1926... Son dos obras que emprendí en mi primera juventud, que abandoné y reanudé después a merced de las circunstancias, y con las que he convivido durante toda mi vida. La única diferencia, completamente accidental, consiste en que un ensayo de lo que iba a ser OPUS NIGRUM se publicó treinta y un años antes de haber acabado el texto definitivo, mientras que la primera versión de "Memorias de Adriano" no tuvo esa suerte o esa desgracia. Por lo demás, las dos novelas se han ido construyendo a través de los años por capas sucesivas hasta que por fin, en ambos casos, la obra ha sido compuesta y rematada de un solo impulso.
La "rabia de saber" de Zenón hace que ningún tipo de conocimiento le sea ajeno y que todo lo vea desde una perspectiva filosófica escéptica, que al final le hace sospechoso de herejía y ateísmo, tras ser denigrado y traicionado. El opus nigrum aludía a cierto proceso alquímico relacionado con la separación de la materia, liberando así al espíritu. No quiere Zenón padecer en sí mismo el opus nigrum, "la fase de disolución y calcinación de las formas, que es la parte más difícil de la Gran Obra".
Zenón no pudo hacer otra cosa que asentir: el viento soplaba menos que nunca en favor de la libertad de opinión. Incluso añadió, devolviéndole su cortesía dialéctica al obispo, que decir de una aparición que reside enteramente en la imaginación no significa que sea imaginaria en el sentido tosco del término; los dioses y los demonios que en nosotros residen son muy reales.
Ya no veía, pero todavía le llegaban los ruidos exteriores. Igual que antaño en San Cosme, unos pasos precipitados sonaron a lo largo del pasillo: era el carcelero, que acababa de ver en el suelo un charco negruzco. Un momento antes, el agonizante se hubiera aterrorizado ante la idea de ser apresado y obligado a vivir y a morir unas horas más. Pero toda la angustia había cesado: era libre.
